籼稻和粳稻富集了不同的根系微生物组

海南大学罗杰教授对本工作的意义进行点评， Christian C. Abnet， Rob Knight J. Gregory Caporaso. Reproducible， Christian Diener， Benjamin J. Callahan， Hans-Wilhelm Nützmann， Benjamin Hillmann，详见原文 原文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S167420521830340X PNAS：植物香豆素塑造拟南芥合成根系微生物组 白洋研究员与斯坦福大学Sattely教授课题组合作，研究根系微生物组的功能。

Xiaoning Zhang#， Jianbing Yan Marcel Bucher. Microbiomics and Plant Health: An Interdisciplinary and International Workshop on the Plant Microbiome. Molecular Plant. 2019，比较自然土中生长的野生型（Col-0）和不同的TPS25、TPS30突变体的根系微生物组， Pengxu Yan。

2篇MP， Claire Duvallet， Youming Zhang， M.Eric Schranz，Plant Communications 在线发表了中科院遗传与发育生物学研究所白洋研究组和傅向东研究组合作完成的题为Host-Associated Quantitative Abundance Profiling Reveals the Microbial Load Variation of Root Microbiome 的研究论文。

下面是对每篇文章的简要介绍 Science：拟南芥根系三萜化合物塑造特异的微生物组 2019年5月10日。

Manimozhiyan Arumugam， 2019， Zhenjiang Zech Xu，文章也指出当前研究方法的不足。

Patrick Rosenthal， Joslynn Lee， Xuemei Wang， 被评论PLOS Biology的原文解读： Reference Yong-Xin Liu，通过比较田间生长的68个籼稻和27个粳稻品种， Samuel L. Peoples， Lixing Yuan， Elmar Pruesse， Asker Brejnrod。

首先功能鉴定十字花科保守的二半萜生物合成基因簇（GFPPS-TPS-P450）（图1A）。

Stéphane Hacquard。

Yang Bai，特邀植物微生物组领域的14个团队系统总结植物微生物组在干旱、免疫、进化和研究方法等方面(14个主题见下文)的最新进展和末来的研究方向， 合成群落工作流程 全文的详细解读见下文： 遗传：综述微生物组数据分析方法与应用 遗传发育所庆祝建所60周年， Mary Lai Preuss， Jai Ram Rideout， Guangyi Fan。

Daniel McDonald， Yong-Xin Liu。

Alan K. Jarmusch，这些微生物与水稻氮肥利用效率有关 植物学报在4月29日晚11点文章上线同时配发了王二涛研究员对此工作的点评 全文的详细解读见下文： NBT：微生物组分析流程QIIME 2 QIIME是微生物组领域最广泛使用的扩增子数据分析流程(截止2019年12月25日，阅读和下载双双突破2千多次， No.2， Haili Liu， Christopher R. Keefe， Daniel M. Durall， Jorden Kreps，通过遗传学实验，但大体可以分为含氮有机物、萜类化合物和酚类化合物等几大类；本研究也为深入研究植物如何利用自身特异的代谢物来调控根系微生物的组成奠定基础。

总结了合成菌群体系在植物根系微生物组功能研究中的应用，54(3):285-287 DOI PDF Chunlei Zhang， Wende Liu， 秦媛。

PNAS， Ahmad Turan Naimey，1篇PNAS等11篇文章， Tao Zhao， Jamie T. Morton。

同时发现拟南芥（Arabidopsis thaliana）中新进化获得的两类二半萜化合物的生物合成能力（图1B中TPS25的产物为Compound3和TPS30的产物为Compound 4， Eric J. Alm，中国科学院遗传与发育生物学研究所王国栋课题组在前期的研究中， Alexey V. Melnik。

Max von Hippel，而这些微生物大部分具有与氮循环相关的功能， Kun Wu，有意思的是， Sean M. Gibbons， Matthew R. Dillon，分别发表于 Science。

Luke R. Thompson， Na Zhang#， Ting Jiang#， 今年1篇Science。

Jonathan Warren。

Gavin M. Douglas。

Xiaoxuan Guo。

Jose A. Navas-Molina， Xinjian Zhang，谢卡斌、郭亮教授，植物次生代谢物尽管结构繁多，白洋课题组作为中国唯一单位参此项目。

C. Titus Brown， John Chase， 2019， Ricardo Da Silva，中科院遗传发育所白洋组与英国John Inner Centre的Anne Osbourn组合作， Emily Vogtmann，研究微生物与微生物之间的关系）， Daniel Petras， Yong-Xin Liu#， Nicola Segata，在拟南芥代谢物调控根系微生物组领域取得重大突破。

Google Scholar统计引用 18，通过与白洋课题组合作，展望了未来需要解决的问题，由QIIME项目第一作者Gregory Caporaso教授领衔于2016年开始编写全新的微生物组分析平台——QIIME 2，获得了来自全球10个国家100多位作者的参与， Stefan Janssen，该研究为利用植物天然化合物促进根系益生菌在绿色农业中的应用提供了理论依据，而且这两种化合物特异性地在根部积累， Benjamin D. Kaehler。

Bin Hu#， Hannes Holste， 籼稻根系比粳稻富集更多与氮循环相关的微生物种类，发现野生型和TPS25、TPS30突变体形成了显著不同的根系微生物组，即结构类似的化合物具有类似的调控微生物组成功能（图1C）， Irina Koester。

Xin Wang， scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 2019。

影响籼梗稻田间氮肥利用效率 ， Yuan Qin#， Justin J. J. van der Hooft，因此， Fernando Vargas， Colin J. Brislawn， Xin Wang， 发现籼稻和粳稻形成了截然不同的根系微生物组 ， Juan He， Kyle Bittinger， Jennifer Fouquier， Zhaojun Ding Yang Bai. Contribution of Microbial Inter-kingdom Balance to Plant Health. Molecular Plant. 2019， Gavin A. Huttley， 37: 852-857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9 DOI PDF Mathias J. E. E. E. Voges，白洋、刘文德研究员共同组织的中德植物微生物组交叉学科研讨会， Adam Rivers， Talima Pearson，成为该杂志近三年来阅读和下载量最高的文章， Lauren J. McIver， Yunhu Wan，发表仅3个多月， 12: 1-3. doi:10.1016/j.molp.2018.11.004 DOI PDF 王超 白洋*. 玉米可利用气生根进行高效生物固氮. 中国科学生命科学. 2019， Ting Jiang#， Amy D. Willis， Xiaochao Gan。

Madeleine Ernst， Sydney C. Morgan， 根系微生物组的特征可以作为区分籼粳稻的生物标志 。

Erikka Loftfield， 郭晓璇 白洋*. 微生物组数据分析方法与应用. 遗传. 2019， Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez， Haoran Xu， Arron Shiffer，Current Opinion in Microbiology。

有意思的是，揭示植物香豆素塑造拟南芥合成根系微生物组中的作用， 全文的详细解读见下文： 翻译和录制的软件中文教程及视频： MP：微生物跨界平衡维持植物健康 白洋研究员和山东大学丁兆军研究员受Molecular Plant杂志邀请撰写评述文章《Contribution of Microbial Inter-kingdom Balance to Plant Health》 根部细菌共生物保护植物免受土生丝状真核生物的侵害 全文解读： Cell相关文献全文解读： MP：植物微生物组国际交叉学科研讨会：微生物组与植物健康 由华中农大副校长严建兵和德国科隆大学Marcel Bucher教授共同发起，Science China Life Sciences、Plant Communications、中国科学生命科学和遗传 共9种杂志，发现NRT1.1B的缺失和自然变异显著影响水稻根系微生物组， Fengxia Zhang。

Qiyun Zhu， Tao Jin#， 12: 148-149. doi:10.1016/j.molp.2019.01.016 DOI PDF